Im Februar 1998 wurde das Erscheinungsbild der Felicia-Reihe durch ein umfassendes Facelift aufgefrischt, äußerlich vor allem durch die Vereinheitlichung der Designsprache der breiten Palette der Škoda-Marken erkennbar. Die Form der Scheinwerfer und des Kühlergrills ähnelten bereits dem größeren Octavia-Modell. Im Juni 2001 fand die beeindruckende Karriere des Škoda Felicia mit insgesamt 1.401.489 produzierten Einheiten einen erfolgreichen Abschluss. Nachfolger wurde das äußerst erfolgreiche Modell Škoda Fabia, das seit 1999 produziert wurde.